Nanopore+Pacbio=参考基因组完成图
构建参考基因组图谱需要制定测序策略,测序策略发生过多次改变,从 sanger 测序进入 Illumina 测序为主,再过渡至 PacBio/Nanopore 测序为主,但这些都还不能解锁全部图谱,依然有一些区域是“盲区”,参考基因组序列上依然有 gap,因此研究者开始尝试将 Nanopore 和 PacBio 结合在一起。T2T 联盟(Telomere-to-Telomere Consortium)在这个方向走在前沿,近期发表在Nature上的文章“The structure, function and evolution of a complete human chromosome 8” ,再一次告诉我们 —— Nanopore+PacBio=参考基因组完成图。
测序数据:ONT Ultra-long(20×)和PacBio HiFi (32.4×)。
研究者测序获得39×ONT ultra-long 数据与70×PacBio数据,利用 Canu 软件进行初步组装,获得基因组大小为2.9Gb,contig N50=70Mb的参考基因组。结合 PacBio HiFi 数据、ONT 数据、ddPCR 技术对X染色进行手工矫正和 gap 填补。通过X染色体特异性 BACs 数据、 Illumina 数据对X染色体组装结果进行评估,其准确度分别为99.991%,99.995%。
目前 Nanopore、PacBio 测序厂商都在推出新升级新的产品,其中 Nanopore 公司的 ONT ultra long Kit 已有用户反馈 MinION 平台产出达10-20 Gb, N50为 50-100 kb;PromethION 平台产出达50-100 Gb;,N50 为 50-100 kb。PacBio 公司的 SMRTbell Enzyme Clean Up Kit 2.0, Sequel II Primer v5, Polymerase Binding Kit 2.2 等新版本的试剂和软件,测试反馈能够获得更多准确率达到或超过99.9%准确度 (QV30) 的HiFi reads。由此可见未来将会有更多的物种构建自己的参考基因组完成图。
作为全平台(ONT PromethION 48、PacBio Sequel II、Bionano Saphyr 和 Hi-C 等)的测序服务提供者,“基因组完成图构建计划”正在招募合作者,完成图策略推荐:ONT ultra long +PB HiFi+Bionano+Hi-C。如果您想提升自己的参考基因组版本,欢迎联系 pag-pm@novogene.com 邮箱或驻地销售,其中 ONT、Bionano 测序更有优惠等你来。
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